Начинается Deep Under the Sky с того, что нам рассказывают о Венере и ее таинственном свечении. После чего закидывает в природную среду обитания необычных медуз, где много красивых огней среди зеленой листвы. Во время этого обучения объясняют, что управлять нашей личной медузой очень легко, достаточно использовать всего лишь одну кнопку, которая находится в левом нижнем углу экрана. С помощью этой кнопки мы выстреливаем небольшими потомками и переключает управление существами. Цель каждого уровня – опылить кораллы с помощью наших отпрысков-бомбочек.